Kỳ thị tôn giáo hay phân biệt đối xử tôn giáo là việc đối xử với một người hoặc một nhóm người khác nhau vì niềm tin cụ thể mà họ có về một tôn giáo. Điều này bao gồm các trường hợp khi những người theo các tôn giáo, giáo phái hoặc phi tôn giáo khác nhau bị đối xử bất bình đẳng do niềm tin cụ thể của họ, trước pháp luật hoặc trong các bối cảnh thể chế, chẳng hạn như trong việc làm hoặc nhà ở.Sự phân biệt đối xử tôn giáo có liên quan đến sự đàn áp tôn giáo, những hình thức cực đoan nhất sẽ bao gồm những trường hợp con người bị hành quyết vì những niềm tin được cho là dị giáo. Các luật chỉ mang tính trừng phạt nhẹ được mô tả là các hình thức đàn áp tôn giáo nhẹ hoặc phân biệt đối xử tôn giáo.Ngay cả trong các xã hội nơi tự do tôn giáo là quyền hiến định, những người theo tôn giáo thiểu số đôi khi cũng bày tỏ lo ngại về sự phân biệt đối xử tôn giáo đối với họ. Trong phạm vi các chính sách pháp luật có liên quan, các trường hợp được coi là kỳ thị tôn giáo có thể là kết quả của sự can thiệp của lĩnh vực tôn giáo với các lĩnh vực khác của công chúng được luật pháp quy định.